НазадМеню

Биоинформатический анализ данных PacBio и Oxford Nanopore Technologies

20.08.2020

Cеквенирование генома вируса SARS-CoV-2 является неотъемлемой частью исследований во время пандемии коронавирусной инфекции COVID-19. При этом используется весь арсенал методов секвенирования, как по отдельности, так и в комбинации: капиллярное секвенирование, NGS, секвенирование длинными чтениями (PacBio, Oxford Nanopore).

Компания QIAGEN разработала новый плагин для программного обеспечения CLC Genomics Workbench, который позволяет обрабатывать данные PacBio и Oxford Nanopore Technologies.

Новые возможности Long Read Support plugin включают:

  • Выравнивание длинных ридов на референс.
  • Сборка de novo длинных и коротких ридов.
  • Гибридная сборка с данными Illumina.
  • Редактирование длинных ридов.

Скачать протокол работы с новым плагином Вы можете, перейдя по ссылке: https://resources.qiagenbioinformatics.com/tutorials/De_Novo_Assembly_Using_Long_Reads_and_Short_Read_Polishing.pdf

Также доступен протокол обработки данных геномного секвенирования SARS-CoV-2 с использованием MinION: https://resources.qiagenbioinformatics.com/tutorials/Analysis_of_SARS-CoV-2.pdf

Основные этапы предлагаемого пайплайна включают в себя:

  • Загрузка и установка Long Reads Support Plugin (beta) and Whole Genome Alignment Plugin (beta).
  • Загрузка ридов SRA.
  • Тримминг SISPA адаптеров.
  • Мэппинг длинных ридов на референс SARS-CoV-2.
  • Variant calling.
  • Генерация консенсусной последовательности.
  • Загрузка Betacoronavirus BLASTdb.
  • BLAST консенсусной последовательности.

Ранее мы сообщали о выпуске новой панели для секвенирования генома SARS-CoV-2. Наборы реагентов QIAseq SARS COV 2 Primer Panel (24), # 333895 и QIAseq SARS COV 2 Primer Panel (96), # 333896 уже доступны для заказа.

Получить подробную информацию по всем доступным решениям для исследования SARS-CoV-2 вы можете, написав нам - qiagenrus@qiagen.com или позвонив по телефону, +7 (499) 703-15-56.


Назад

Обратная связь