Неинвазивное пренатальное тестирование отцовства при помощи SNP-основанного таргетного секвенирования с использованием баркодирования Уникальными Молекулярными Индексами (UMI)

23.06.2020

Тест на отцовство проводится для определения биологической связи между ребенком и предполагаемым отцом, и может быть сделан как до, так и после рождения ребенка. Есть множество причин, почему пренатальное тестирование иногда предпочтительнее постнатального (как с инвазивным, так и с неинвазивным отбором материала для анализа ДНК). Инвазивные методы, такие как забор ворсин хориона или амниоцентез, приводят к увеличению риска потери беременности и инфекции, связанного с методом забора материала, и поэтому не рекомендуются (за исключением диагностики тяжелых генетических нарушений).

К неинвазивному методу относится забор материнской крови, в которой содержится циркулирующая внеклеточная ДНК плода (вкДНК). Обычно для определения отцовства используется анализ коротких тандемных повторов ДНК (STR). Однако использование этих маркеров в вкДНК затруднительно из-за крайне фрагментированной по своей природе вкДНК, что делает проблематичным амплификацию относительно больших STR-фрагментов. Поэтому, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), которые требуют намного меньших по размеру ампликонов ДНК, все чаще используются в качестве маркеров для тестирования отцовства по вкДНК.

В образцах вкДНК содержится относительно низкая доля фетальной фракции ДНК по отношению к материнской фракции ДНК. Этот факт, и связанные с этим проблемы анализа и интерпретации данных, приводят к тому, что для получения достаточных и надежных результатов секвенирования требуются значительно большие по размеру панели. Такие большие панели необходимы для возможности сравнения генетических признаков плода и предполагаемого отца (их SNP-профилей) с целью определения биологического родства, в том числе отцовства. Большой размер панелей несет за собой дополнительные технические проблемы, увеличивая общее время и стоимость анализа.

Исследователи Департамента R&D компании Medtimes Medical Group Limited (Kwai Chung, Hong Kong) впервые описали использование Уникальных Молекулярных Индексов (UMI), которые они применили в дополнение к разработанной ими кастомной таргетной панели QIAseq ® для неинвазивного пренатального тестирования отцовства.

Использование UMI помогает значительно скорректировать ошибки ПЦР и секвенирования, таким образом, обеспечивая значительно более высокую достоверность окончательных данных секвенирования для точного определения отцовства (коллинга и дискриминации). Высокий уровень коррекции ошибок позволяет использовать гораздо меньшее количество SNP и меньшие по размеру панели для генерации необходимого количества данных для определения вероятности отцовства, делая протокол секвенирования и анализа данных проще и быстрее.

Более подробную информацию по исследованию Вы можете прочитать в данной статье.

Информацию по таргетным панелям QIAseq ® в кастомном формате Вы можете найти здесь.

Для заказа кастомной таргетной панели QIAseq ® Вы можете обратиться к нам напрямую или к нашим партнерам.


Назад