Пост-релиз: вебинар о клиническом применении NGS в детской онкологии

23.06.2020

В начале июня мы провели вебинар на тему: «Применение таргетного высокопроизводительного секвенирования в детской онкологии».

На этом вебинаре Александр Евгеньевич Друй, к.б.н., заведующий лабораторией молекулярной онкологии Национального медицинского исследовательского центра детской гематологии, онкологии и иммунологии (НМИЦ ДГОИ) им. Дмитрия Рогачева Минздрава РФ поделился своим опытом работы и рассказал об основных задачах, решаемых методом NGS. В этом обзоре мы хотели бы ещё раз осветить главные обсуждаемые вопросы.

По словам докладчика, в последние десятилетия произошел настоящий прорыв в детской онкологии, обусловленный развитием таких технологий, как появление системной химиотерапии, развитие хирургических технологий, изобретение новых способов трансплантации костного мозга и лимфатических стволовых клеток, внедрение программного лечения и исследование прогностических, в том числе молекулярно-генетических, маркеров, что сделало возможным назначение персонализированной таргетной терапии.

Тем не менее, несмотря на прорыв в детской онкологии, некоторые опухоли до сих пор характеризуются высокой смертностью: нейробластома высокого риска, опухоли головного мозга III–IV степени злокачественности, опухоли ЦНС. Стандартные методы пациентам с опухолями группы высокого риска не помогают, поэтому в настоящее время им предлагаются различные экспериментальные программы лечения в зависимости от молекулярных свойств опухоли.

Как сообщил А.Е. Друй, опыт таргетного секвенирования ДНК в лаборатории НМИЦ ДГОИ начался с использования готовой панели GeneRead QIAact Actionable Insight Tumor Panel, адаптированной для работы с системой секвенирования NGS GeneReader. С помощью нее можно проводить анализ всей кодирующей последовательности 12 генов (KRAS, PDGFRA, PIK3CA, NRAS, ALK, ERBB3, KIT, EGFR, ESR1, BRAF, ERBB2, RAF1). «Когда мы начинали проводить секвенирование, на рынке было представлено мало вариантов – только NGS панели для выявления соматических мутаций опухолей взрослых. Тогда процент выявления генетических вариантов опухолей, развивающихся у детей, был маленьким, но с расширением видов панелей возможности выявления генетических вариантов значительно возросли», – отметил докладчик.

Метод NGS секвенирования позволил решить лаборатории онкологического центра 3 основные задачи: первая – поиск потенциальных решений терапии детских опухолей на основе данных молекулярной диагностики, вторая – помощь патологоанатомам с дифференциацией диагноза, третья – стадирование и определение группы риска.

Исходя из научно-клинических потребностей НМИЦ ДГОИ удалось разработать кастомную панель, анализирующую свыше 60 интересующих генов. Использование на практике такой панели уже позволило наиболее полно и качественно отвечать на вопросы, которые детские онкологи ставят перед молекулярными патологами. Технология молекулярного баркодирования UMI, на основе которой разрабатываются кастомные панели серии QIAseq, позволяет проводить дифференцировку каждой отдельной молекулы, что существенно снижает вероятность ошибки в клинических назначениях, исключая артефакты секвенирования.

Упоминаемые в докладе панели серии QIAseq были специально разработаны таким образом, что позволяют работать с высоко фрагментированной ДНК, полученной из парафиновых блоков (FFPE) или образцов плазмы (жидкостная биопсия). Такой дизайн панели позволяет эффективно выявлять клинически значимые варианты, которые обнаруживаются даже в самых «сложных» образцах. Гибкие возможности в разработке панели на заказ позволяют получить дизайн NGS панели с любыми генами-мишенями. Так называемое, цифровое секвенирование – технология, при которой индексирование фрагментов ДНК происходит при помощи молекулярных баркодов еще до проведения этапа амплификации, что позволяет избежать возникновения ПЦР-дупликатов и биаса. Кроме того, технология отжига и удлинения единственного праймера позволяет детектировать новые ранее неизвестные химерные варианты, а запатентованная технология анализа данных обеспечивает точную детекцию низкокопийных гибридных транскриптов. Концепция молекулярного баркодирования UMI (Unique Molecular Indices) заключается в том, что каждая оригинальная молекула-мишень «помечается» уникальной последовательностью «штрих-кода» перед этапом амплификации. Это достигается путем лигирования двойной цепи кДНК мишени с таким «штрих-кодом» или индексом, содержащим 12-нуклеотидную случайную последовательность (например, TATCGTACAGAT). Статистически, такая последовательность обеспечивает 412 = 16 777 216 уникальных комбинаций для каждого баркода и, таким образом, каждая цепь кДНК в образце получает уникальную последовательность.

Перспективной для NGS-секвенирований А.Е. Друй обозначил решения, которые позволяют анализировать микросателлитную нестабильность и мутационную нагрузку, а также комплексный подход в одновременной подготовке образцов для анализа ДНК (соматических мутаций) и РНК (химерных транскриптов) с применением мультимодальных панелей.

Представив несколько клинических случаев, в заключение выятепления А.Е. Друй подчеркнул, что для отдельных пациентов метод NGS секвенирования позволяет найти альтернативные варианты терапии, которые потенциально могут оказаться эффективными и вылечить заболевание, что показано в клинической практике.

Ссылка для просмотра записи вебинара (скоро будет опубликована запись)

Получить подробную информацию о данном вебинаре и обсуждаемых решениях вы можете, написав нам - qiagenrus@qiagen.com или позвонив по телефону, +7 (499) 703-15-56.


Назад